陨石灾劫即将到来，此时这个时空正在发生着惊天动地的大事，而因为凌霄的存在，使得这个时空连接的后世也在发生着惊天动地的变化。
这一切，凌霄自然是不会知道的。
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穿梭时空，5000年后的神奇宝贝世界。神奥地区。
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为了获得神奇宝贝大师的称号而持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。
为了探索见识一下古老的远古文明，得知这个城镇里拥有着数千年前的远古遗迹，小智等人及其神奇宝贝决定在此逗留一日，因为西瓜事件，和米季钠城镇的神奇宝贝训练家打了一场双打比赛，胜出之后的小智一行人，在这对兄妹的指引下，来到了遗迹所在的大山，然而就在进入大山不久之后，意外的事情发生了，因为被遗迹附近的湖泊吸引，在湖泊前休息的同时，这片大湖上却刮起了猛烈的飓风，随之数道被异常能量引起的水龙卷向小智等人逼近，其中皮卡丘与小光的神奇宝贝波加曼更是被水龙卷席卷而去，危在旦夕。
与此同时，早已经在此地注意到小智一行人的遗迹守护者希娜以及克宾现身，随着希娜喊出一声“帝牙卢卡，拜托了！请救下那两只被波及的神奇宝贝。”之后，时间屏障开启，彪悍的帝牙卢卡带着凶猛的气势朝着水龙卷飞去，成功的将小智的皮卡丘以及小光的波加曼救出，随后，帝牙卢卡咆哮一声，使出了时之咆哮，将这一切异象尽数瓦解。
就在所有人以为这件事情告一段落的时候，异变却又发生了，还没有回到时间隧道中的帝牙卢卡，被反转世界冲出来的骑拉帝纳偷袭，差点受了重伤，好在骑拉帝纳并没有使用特别强力的绝招，也只是要教训一下帝牙卢卡引发了这样的异变。骑拉帝纳自己不知道，他只是错怪了帝牙卢卡，这场异变，并非是帝牙卢卡引起的。
虽然希娜等人想要解释，但是骑拉帝纳根本就听不进他们的话，最终，还是小智冲到了湖泊里，让骑拉帝纳想起了小智曾救过她一命，这才冷静了下来。
过后，希娜趁机用与神奇宝贝沟通的能力解释了清楚，这才化解了这场根本不应该发生的战斗。
骑拉帝纳告辞，本以为终于结束的小智一行人与希娜还有克宾根本没想到，这件事情远远没有这么简单，身在创世界休眠的阿尔宙斯再度爆发，从而使得这片湖泊再度暴动，形成数道更为粗大的水龙卷。
身在空中的帝牙卢卡，本应该受到突袭，然而骑拉帝纳这一劫，让他的警惕心提高到了顶点，堪堪躲了过去，与此同时，身在空间之中的帕路奇犽感应到这里的空间变动，冲出了空间屏障，一招防护罩冲击，破掉了催袭小智一行人的水龙卷。届时
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